Los hermanos Fuyuki y Natsumi Hinata descubren a un extraterrestre con forma de rana escondido en su casa: es Keroro, capitán de un pelotón enviado a explorar la Tierra, que su especie llama Pokopen, antes de una invasión total. Al perder sus armas y quedar expuesto, sus superiores lo abandonan en el planeta, así que se instala con los Hinata mientras otros cuatro agentes de su equipo van apareciendo poco a poco. Cada capítulo gira en torno a sus planes de conquista, que casi siempre terminan en tareas domésticas y festividades japonesas.