Apollo parece un humano cualquiera hasta que empieza a recordar fragmentos de la vida de Apollonius, un Ángel de la Sombra que en el pasado amó a una mujer humana y se rebeló contra los suyos. Junto a sus compañeros, se enfrenta a los Ángeles de la Sombra, seres ancestrales que han vuelto doce mil años después para cosechar la energía vital de la humanidad, en una historia que gira en torno a esa antigua traición y sus consecuencias. Repartida en dos episodios de larga duración, esta OVA reelabora los sucesos de la serie de TV Genesis of Aquarion en lugar de repetirlos.