Una colonia de Genesect revividos, liderada por un raro Genesect Brillante, busca un nuevo hogar después de que su hábitat ancestral fuera destruido, y confunde el horizonte de Ciudad Nueva Tork con el mundo que perdió. La ocupación desplaza a los demás Pokémon de la ciudad y enfrenta a la colonia con Mewtwo, atacado por el receloso líder Genesect y decidido a plantarles cara. Ash Ketchum, Iris y Cilan intervienen para evitar que el choque se convierta en una guerra abierta. Esta es la decimosexta película de Pokémon.