Dan Kuso, Marucho Marukura y Shun Kazami descubren que Bakugan Interspace, la arena virtual donde pelean, ha sido hackeada desde otra dimensión, lo que los arrastra a una guerra entre el imperio Gundaliano y el pueblo Neathiano. Fabia Sheen, una refugiada neathiana, y Jake Vallory, un nuevo brawler humano, se unen al trío mientras las Doce Órdenes de Gundalia ponen la mira en la Tierra. Esta tercera temporada sigue al grupo en su intento de frenar la invasión antes de que llegue a casa.