Yuya Sakaki, un Duelista de Entretenimiento conocido como el Fantasma, huye de la Corporación Leo tras hackear su sistema Solid Vision, y lleva dentro de sí otras tres personalidades: Yuuto, Yuugo y Yuuri. Yuzu Hiiragi lo engaña para que firme como profesor en la escuela de duelos de su padre, en decadencia, pero lo que Yuya busca en realidad es Genesis Omega Dragon, una carta capaz de doblegar la realidad misma. Reiji Akaba, presidente de la Corporación Leo, va tras esa misma carta, y su persecución pone en riesgo constante la doble vida de Yuya. Este manga cuenta una historia original, distinta a la del anime de Arc-V.