D.Gray-man: Reverse reúne historias paralelas sobre los exorcistas y el personal de la Orden Oscura, repartidas en ocho capítulos que forman tres novelas cortas. Una sigue el propio camino de Allen Walker hasta el cuartel general; otra envía a Kanda a un pueblo donde se dice que vive una bruja; una tercera gira en torno a las ambiciones de Bak Chang dentro de la Orden. Los capítulos posteriores recorren los muchos nombres que Lavi llevó antes del actual y la búsqueda de Allen por parte de Lou Fa, junto con interludios cómicos como una fiesta de reencuentro de la Orden. La colección corre en paralelo al manga en curso en lugar de continuar su trama.