Kaname Kuran despierta de mil años de sueño sin recordar quién fue, renacido como humano. Dos vampiras, Ai y Ren, se encargan de guiarlo a través de todo lo ocurrido mientras dormía, incluido lo que fue de Yuki Cross y Zero Kiryu, las dos personas cuyas decisiones marcaron los mil años que se perdió. Esta secuela avanza en fragmentos en vez de en orden cronológico, reconstruyendo poco a poco la relación entre los tres a partir de recuerdos dispersos.