Entre el manga original de Ghost in the Shell y su secuela Man-Machine Interface, Shirow reunió aquí los capítulos que había dejado fuera de ese segundo volumen. Con la mayor Motoko Kusanagi trabajando como contratista independiente, son Batou y Togusa quienes sostienen el trabajo diario de la Sección 9 contra el tecnocrimen bajo las órdenes del jefe Aramaki, cruzándose con ella solo en los casos más difíciles. Cada capítulo funciona como un caso autoconclusivo, más cercano al procedimiento policial que a las guerras cibernéticas habituales de la saga.