Dos años después de que el hacker Fujimaru Takagi, conocido en la red como Falcon, frustrara la primera conspiración terrorista de Bloody Monday, una nueva amenaza apunta a Japón mientras el propio Falcon ha desaparecido de la escena. Fujimaru, que intenta llevar una vida normal preparándose para los exámenes de acceso a la universidad, se ve arrastrado de nuevo al descubrir un virus letal y un dispositivo que los terroristas llaman 'la Caja de Pandora': el disparador nuclear del arsenal estadounidense. Perseguir a quienes lo buscan obliga a Fujimaru a volver al mundo que creía haber dejado atrás.