Tras el final de Puella Magi Madoka Magica, Homura Akemi regresa a Mitakihara y descubre que las brujas han desaparecido: en su lugar aparecen los espectros, criaturas nacidas del dolor humano que drenan las emociones de la gente. Mami Tomoe intenta mantener unidas a las chicas mágicas, mientras Sayaka Miki y Kyouko Sakura chocan constantemente sobre cómo enfrentar la nueva amenaza. Con un conocimiento sobre el mundo que las demás no tienen, Homura busca evitar que el grupo se desmorone antes de que lo haga el enemigo. Este manga conecta la serie original con la película Rebellion.