Tras perder la batalla contra Walpurgisnacht, Homura Akemi usa su poder para retroceder en el tiempo hasta antes de que Madoka Kaname se convirtiera en chica mágica, solo que esta vez Madoka recuerda todo lo vivido en la línea temporal anterior. Juntas planean salvar a Mami Tomoe, Sayaka Miki y Kyouko Sakura del destino que ya las destruyó una vez. Pero Kyuubey también conserva sus recuerdos y trabaja en silencio para llevar a Madoka de vuelta hacia el contrato que Homura intenta impedir.