Shiroe y los aventureros atrapados en Elder Tale llevan meses estabilizando Akihabara, pero con el invierno surgen nuevas incertidumbres. Mientras Shiroe parte en secreto a una raid en el norte, Akatsuki se enfrenta a un asesino en serie que acecha las calles de la ciudad. Los miembros más jóvenes del gremio Log Horizon emprenden su primera misión independiente. Esta segunda temporada sigue tres hilos en paralelo mientras los jugadores atrapados descubren nuevas capas del mundo que habitan.