Jirou Azuma, de diecisiete años, vive con su abuelo, el último de un clan shinobi, y tiene el don de hablar con los animales, una habilidad que usa más para proteger a los callejeros que a las personas. Rescatar a un gato negro llamado Ragou le cuesta la vida, pero el gato resulta ser un mononoke, un espíritu que lo salva cediéndole su propio poder. Ese intercambio arrastra a Jirou hacia Black Torch, una unidad del gobierno que caza a los mononoke que siguen en guerra con la humanidad, y Ragou queda ligado a él como un compañero que nunca pidió.