El despliegue por parte de Brasil del hechizo de clase estratégica Synchroliner Fusion en Sudamérica desata una ola de disturbios que llega hasta Japón justo cuando empieza el nuevo año escolar. Ya en tercer año en First High, Tatsuya y Miyuki Shiba observan cómo crece el sentimiento antimago mientras los jóvenes herederos de las Veintiocho Familias se reúnen en Yokohama para decidir una respuesta, y una amenaza más inmediata se concentra frente a la isla de Sado. Más cerca, la mejor estudiante de primer año del ciclo, Shiina Mitsuya, de la familia Mitsuya de los Diez Clanes Maestros, desaparece, y su amigo de infancia de Curso 2, Saburou Yaguruma, se suma a la búsqueda.