En la aislada aldea de Sotoba, una serie de muertes inexplicables comienza el mismo verano en que la hermética familia Kirishiki se muda a la mansión de la colina. El Dr. Toshio Ozaki, único médico del pueblo, nota que las muertes siguen un patrón que ninguna enfermedad explica. Al mismo tiempo, el estudiante Natsuno Yuuki, que detestaba vivir en el campo, se convierte en blanco tras la desaparición de su compañera Megumi Shimizu. Mientras la investigación médica de Ozaki y los intereses de Natsuno convergen, descubren criaturas que los aldeanos llaman shiki: cadáveres levantados que se alimentan de los vivos.