El capitán Gorou Etajima y el cocinero Hajime Tokushima zarpan a bordo de un submarino para rescatar a un periodista estadounidense secuestrado en el mar de Avion, una zona de la Región Especial repartida entre estados insulares rivales y flotas piratas. Esta adaptación de la novela ligera secuela de Gate sigue a la rama naval de las Fuerzas de Autodefensa de Japón hacia una parte del mundo alterno que la historia original nunca exploró. Las tensiones diplomáticas y las rivalidades antiguas complican el rescate a medida que la tripulación cruza aguas en disputa.