Alita regresa a Marte por primera vez en siglos tras los sucesos de Last Order, mientras capítulos en retrospectiva exploran su infancia olvidada allí como una joven ciborg llamada Yoko, luchando por sobrevivir en medio de las viejas guerras marcianas. Ambientado en dos líneas temporales separadas por trescientos años, este manga completa la historia que la propia Alita no recuerda, siguiendo cómo una huérfana de guerra en Marte se convirtió en la luchadora que el Dr. Ido encontró después en la Tierra. Es la tercera entrega principal de la serie Battle Angel Alita.