Sora, Donald y Goofy salen en busca de Riku y el Rey Mickey, desaparecidos tras sellar la puerta a Kingdom Hearts, y su búsqueda los lleva hasta el Castillo del Olvido, una fortaleza donde los recuerdos pueden crearse, reescribirse o borrarse a voluntad. Sora sube piso por piso mientras miembros de la misteriosa Organización XIII, entre ellos Marluxia y Vexen, usan en su contra los recuerdos del propio Sora. Este manga adapta el videojuego del mismo nombre.