Roxas despierta sin memoria de quién era, reclutado en la Organización XIII tras el casi sacrificio de Sora para salvar a Kairi. Mientras entrena junto al veterano Axel y a una nueva recluta callada llamada Xion, Roxas empieza a preguntarse qué clase de ser es en realidad. Este manga adapta la historia del videojuego y completa los días entre la desaparición de Sora y su regreso.