En pleno período Sengoku, el señor samurái Daigo Kagemitsu hace un pacto con 48 demonios: a cambio de poder para conquistar la región, les ofrece partes del cuerpo de su hijo, que todavía no ha nacido. El bebé llega al mundo sin casi ninguna de esas partes y es abandonado, hasta que un sanador lo encuentra, lo cría y le da prótesis y un nombre: Hyakkimaru. Ya de joven, Hyakkimaru sale al camino junto a Dororo, un ladronzuelo huérfano, en busca de los demonios que le arrebataron su cuerpo, uno por uno. Este manga vuelve a contar el Dororo original para una nueva generación de lectores.