Diez años después de que terminara la guerra entre los clanes ninja Iga y Kouga, se espera que ambos bandos por fin se unan a través del matrimonio de sus sucesores designados: Hachirou, del clan Kouga, e Hibiki, del clan Iga. Los dos crecieron sabiendo que ese compromiso llegaría, pero facciones dentro de cada clan empiezan a moverse para sabotearlo antes de que se concrete. Este manga adapta la novela secuela de Basilisk: The Kouga Ninja Scrolls y sigue a Hachirou e Hibiki mientras la paz pactada entre sus familias se ve amenazada desde adentro.