El Contratista conocido como Hei regresa a Tokio junto a su compañera Yin para investigar una nueva amenaza: una flor llamada Diente de León Negro que otorga poderes de Contratista a quien la toca. La oficial Misaki Kirihara reabre la caza del esquivo BK201 mientras el rastro de la flor conduce a un hombre llamado Harvest, y eso empuja a Hei de vuelta a las sombras que había intentado dejar atrás. Este manga continúa la historia de la serie original de Darker than Black.