Cuando Flora, guardiana del legendario Jardín de Rosas Cure, las convoca, Nozomi Yumehara y las demás Pretty Cure recuperan sus poderes para una nueva misión: llegar hasta el Jardín con el Pacto de las Rosas, lo que implica encontrar y liberar a los gobernantes de cuatro reinos vecinos al de Palmier. Enfrente está Eternal, una organización que acumula tesoros mágicos de otros mundos y quiere el Pacto para sí. A ellas se suma una sexta guerrera misteriosa, Milky Rose, mientras la búsqueda se amplía. Esta continuación directa retoma a las mismas cinco heroínas de la primera Yes! Pretty Cure 5 para un conflicto todavía mayor.