Mirai Asahina es una estudiante de secundaria común y corriente cuando ve a una chica volar en escoba y la sigue hasta el Mundo Mágico, donde la aprendiz de bruja Liko Izayoi busca la legendaria Piedra Linkle Esmeralda. Al ser atacadas por un secuaz del Hechicero Oscuro Dokurokushe, los colgantes idénticos que ambas llevan despiertan y las transforman en las Witchy Pretty Cure. Guiadas por Mofurun, un osito de peluche viviente, Mirai y Liko emprenden juntas el aprendizaje de la magia para frenar el avance del Caos Sin Fin de Dokurokushe.