Sora Harewataru, una chica muy aplicada del reino mágico de Skyland que admira a la heroína capitana Shalala, persigue a Kabaton, del Imperio Undergu, a través de un portal después de que este secuestre a la bebé princesa Ellee. Sora termina cayendo con ella en la Tierra, en la ciudad de Sorashido. Cuando Kabaton vuelve a atacar, el poder de Ellee convierte a Sora en Cure Sky, y Mashiro Nijigaoka, Tsubasa Yuunagi y Ageha Hijiri se suman a la pelea como nuevas Pretty Cures, mientras la abuela de Mashiro busca la forma de regresar a Skyland. La frase de Sora, '¡Llegó la hora del héroe!', impulsa al equipo mientras protegen a Ellee de las fuerzas del Imperio.