Antes de convertirse en Ejecutor, Shinya Kogami dirige la División 3 de la Oficina de Seguridad Pública con rango de Inspector. El Caso del Marcaje empieza como un expediente de agresión extraño y se vuelve algo que la división no puede cerrar siguiendo el manual. Todo ocurre en un Tokio donde el Sistema Sibyl puntúa la mente de cada ciudadano y los Dominadores solo disparan según esa lectura. El manga funciona como precuela del anime de Psycho-Pass y sigue los primeros casos de Kogami.