Tokio, Academia Shujin: tras un incidente, Ren Amamiya despierta su Persona y forma con Ryuji Sakamoto, Ann Takamaki y el gato parlante Morgana a los Ladrones Fantasma, que roban los deseos distorsionados de adultos corruptos. Sobre esa rutina, el manga arma casos propios: el intento de envenenar al presidente de una empresa, una clínica en la que nadie confía y un pedido sospechoso en una tienda de material militar. El detective Goro Akechi aparece una y otra vez donde trabajan los ladrones.