Kenshin Himura, antiguo asesino conocido como Hitokiri Battosai, vaga por el Japón de la era Meiji con una espada de filo invertido y un juramento de no volver a matar. Al llegar a Tokio en 1878, conoce a Kaoru Kamiya, una joven instructora que intenta proteger el dojo familiar Kamiya Kasshin-ryu de un impostor que usa el nombre Battosai. Kenshin lo derrota, se instala en el dojo y pronto se le unen el huérfano Yahiko Myojin y el peleador Sanosuke Sagara.