En una Nueva York destruida, Deunan Knute y Briareos sobreviven como mercenarios: el armamento de Briareos les consigue refugio con un alcalde cíborg convencido de que una invasión alienígena está por llegar. Lo que los dos buscan es Olympus, ese refugio tecnológico del que solo han oído hablar. Aparecen entonces una niña y el cíborg que la cuida, perseguidos por mercenarios cibernéticos mejor armados, y los excompañeros de SWAT aceptan sacarlos de ahí. Este manga cuenta la historia de Appleseed Alpha, anterior a los hechos del Appleseed original.