Yuuki es un estudiante de secundaria sin nada especial hasta el día en que ayuda a la chica de otro grupo a la que toda la escuela llama la Chica Basura, y ese favor le quita la vida normal que tenía. Ella está metida en el asunto de los cristales sagrados que dan título a la obra y de los Monobile, las figuras con nombre de ave que giran alrededor de ellos. Yuuki decide quedarse de su lado en una búsqueda que ni sabía que existía, un cristal a la vez.