Dentro de um casulo no prédio abandonado chamado Old Home, na cidade murada de Glie, Rakka nasce sem nenhuma lembrança de quem era. Asas cinzentas brotam de suas costas e um halo surge sobre sua cabeça: ela agora é uma Haibane, um dos seres alados que vivem e trabalham ao lado dos humanos da cidade. A Haibane mais velha, Reki, cuida de Rakka enquanto ela se ajusta a uma vida cercada por muralhas que ninguém atravessa, exceto os silenciosos Toga, que vêm de fora para comerciar.