Único humano criado por robôs no planeta-parque temático Granbell, Shiki Granbell nunca encontrou outra pessoa até a criadora de conteúdo Rebecca Bluegarden e seu companheiro felino Happy pousarem por lá. Os robôs envelhecidos do planeta simulam uma revolta para forçar os três a partir antes de ficarem sem energia. A bordo da nave Edens Zero, Shiki, Rebecca e Happy seguem pelo Cosmos Sakura em busca de Mother, uma deusa cósmica lendária que ninguém jamais encontrou.