Criado por robots en el planeta parque temático Granbell, Shiki Granbell nunca ha visto a otro ser humano hasta que la creadora de contenido Rebecca Bluegarden y su compañero felino Happy aterrizan allí. Los robots envejecidos del lugar fingen un levantamiento para obligar a los tres a partir antes de que su propia energía se agote. A bordo de la nave Edens Zero, Shiki, Rebecca y Happy ponen rumbo al Cosmos Sakura en busca de Mother, una diosa cósmica legendaria que nadie ha encontrado jamás.