Depois de um acidente na infância, Shiki Tohno enxerga linhas tênues em tudo ao seu redor; cortar uma delas faz o objeto se desfazer, então ele usa óculos que as escondem. Recém-chegado à mansão Tohno, ele perde o controle numa noite e mata uma mulher chamada Arcueid Brunestud, que no dia seguinte aparece ilesa diante dele e cobra que ele repare o que fez ajudando-a. Arcueid, uma vampira de séculos de idade, leva Shiki a caçar um assassino que ronda a cidade.