Tras un accidente en la infancia, Shiki Tohno ve líneas tenues en todo lo que lo rodea; basta cortar una para que el objeto se deshaga, así que usa lentes que se las ocultan. Recién regresado a la mansión Tohno, pierde el control una noche y mata a una mujer llamada Arcueid Brunestud, que al día siguiente aparece ante él ilesa y le exige que repare el daño ayudándola. Arcueid, una vampira de siglos de antigüedad, arrastra a Shiki a la cacería de un asesino que acecha la ciudad.