Satellizer L. Bridget, Kazuya Aoi e Rana Linchen são convocados a uma base secreta no Alasca, onde a humanidade apresenta o projeto E-Pandora: garotas comuns transformadas em combatentes para suprir a falta de Pandoras naturais diante dos invasores dimensionais chamados Nova. À medida que as E-Pandoras artificiais são levadas ao limite para alcançar as Pandoras de nascença, o preço de forçar essa transformação começa a aparecer. Esta segunda temporada de Freezing dá sequência à primeira.