Satellizer L. Bridget, Kazuya Aoi y Rana Linchen son convocados a una base secreta en Alaska, donde la humanidad presenta el proyecto E-Pandora: chicas comunes convertidas en combatientes para suplir la falta de Pandoras naturales frente a los invasores dimensionales llamados Nova. Mientras a las E-Pandoras artificiales las llevan al límite para igualar a las Pandoras de nacimiento, el precio de forzar esa transformación empieza a salir a la luz. Esta segunda temporada de Freezing continúa la primera.