Yuu Mononobe é o único D homem conhecido e acaba obrigado a se matricular em Midgar, a academia feminina que reúne as garotas nascidas com poderes de dragão, vinte e cinco anos depois de as criaturas devastarem o mundo e sumirem. Assim que chega, ele surpreende a aluna Iris Freyja trocando de roupa, e ela o ataca por instinto. Ao lado de Iris e da irmã adotiva Mitsuki, Yuu treina para impedir que as D virem dragões e para descobrir por que os dragões desapareceram.