Yuu Mononobe es el único D varón conocido, y lo obligan a inscribirse en Midgar, la academia femenina donde se reúne a las chicas nacidas con poderes de dragón, veinticinco años después de que esas criaturas arrasaran el mundo y desaparecieran. Al llegar sorprende a una estudiante, Iris Freyja, mientras se cambia de ropa, y ella lo ataca por instinto. Junto a Iris y a su hermana adoptiva Mitsuki, Yuu se entrena para evitar que las D se conviertan en dragones y para descubrir por qué desaparecieron.