Neste longa-metragem, Touma Kamijou e Index fazem amizade com Arisa Meigo, uma cantora iniciante escolhida como rosto de Endymion, o elevador espacial que Academy City está prestes a concluir. Numa noite, Stiyl Magnus e bruxas da Igreja Anglicana tentam sequestrá-la. Touma percebe então que Arisa está no centro de algo bem maior que uma campanha publicitária, e que a imensa torre pode guardar um propósito que ninguém na cidade desconfia.