Atraída pela promessa do alquimista Adolf de talvez conseguir levantar suas duas maldições, Chise Hatori, a noiva sleigh beggy aprendiz do magus Elias Ainsworth, se matricula no Alchemist College, uma escola secreta de magos escondida sob Londres. Elias e o familiar Ruth a acompanham enquanto ela conhece, pela primeira vez, colegas da própria idade (entre eles Lucy Webster, Philomela Sargeant e Rian Scrimgeour) e aprende a se firmar por conta própria. Esta segunda temporada adapta o arco do Alchemist College do mangá.