El alquimista Adolf le ofrece a Chise Hatori una vía para levantar sus dos maldiciones. La joven sleigh beggy, novia y aprendiz del magus de sangre feérica Elias Ainsworth, se matricula entonces en el Alchemist College, una escuela de magos oculta bajo Londres. La acompañan Elias y su familiar Ruth mientras conoce, por primera vez, a compañeros de su edad (entre ellos Lucy Webster, Philomela Sargeant y Rian Scrimgeour) y aprende a sostenerse por su cuenta. Esta segunda temporada adapta el arco del Alchemist College del manga.