Invitada por los directivos del College, una institución para jóvenes hechiceros que buscan estudiar su rara naturaleza de Sleigh Beggy, Chise Hatori ingresa como alumna mientras Elias Ainsworth acepta un puesto docente para cuidarla de cerca. En esta segunda parte, una amenaza interna acerca a Chise a su compañera de cuarto Lucy Webster y a la atormentada Philomela Sargant, mientras lidia con la política de la institución y viejos rencores entre sus familias.