Num Japão alternativo onde guerreiros históricos reencarnados servem como Master Samurai, Muneakira Yagyu volta do treinamento e encontra o dojo Yagyu transformado em um café de empregadas: as garotas ligadas a ele atendem as mesas para quitar as dívidas. Jubei não consegue mais se transformar, e as primeiras clientes do café são quatro Dark Samurai que aparecem para desafiar o grupo. Esta segunda temporada dá continuidade à história de Samurai Girls.