En un Japón alternativo donde guerreros históricos reencarnados sirven como Master Samurai, Muneakira Yagyu vuelve de entrenar y encuentra el dojo Yagyu convertido en un café de sirvientas: las chicas ligadas a él atienden las mesas para pagar las deudas. Jubei ya no consigue transformarse, y las primeras clientas del café son cuatro Dark Samurai que llegan a desafiar al grupo. Esta segunda temporada continúa la historia de Samurai Girls.