Kana Koumoto é uma estudante de dezessete anos que passa os dias na cidade de Tsuganei ao lado das amigas Mossan, Hijiri e Pets. A rotina se quebra quando um mecha despenca do céu junto de Haruko Haruhara, que empunha uma guitarra e tem planos para Kana ligados a um poder chamado Atomsk, bem quando a Medical Mechanica começa seu ataque à Terra. Esta entrada na franquia FLCL se sustenta sozinha e foca no grupo de Kana, e não no elenco original.