Anos depois do FLCL original, Mabase ganha uma nova adolescente retraída: Hidomi Nishigori, que não espera nada de sua vida sem graça e usa fones com orelhas de gato que vão do azul ao vermelho quando ela está prestes a "transbordar". Uma mulher chamada Julia Jinyu a atropela, uma professora nova chamada Haruko Haruhara surge em sua escola e a guerra entre a Medical Mechanica e a Fraternity volta a invadir o cotidiano. Seu colega Ide é arrastado junto com ela ao longo de seis episódios.