Nove curtas animados por estúdios japoneses preenchem o mundo em volta de The Matrix. "The Second Renaissance" remonta a guerra entre humanos e máquinas ao robô doméstico B1-66ER e ao julgamento que veio depois. "Final Flight of the Osiris" se liga direto aos filmes em live-action, e os outros segmentos acompanham personagens novos presos entre o mundo simulado e o real, cada um com seu próprio traço.