Nueve cortos animados en estudios japoneses completan el mundo alrededor de The Matrix. "The Second Renaissance" rastrea el origen de la guerra entre humanos y máquinas hasta B1-66ER, un robot doméstico, y el juicio que vino después. "Final Flight of the Osiris" enlaza directamente con las películas, y los demás segmentos siguen a personajes nuevos atrapados entre el mundo simulado y el real, cada uno con su propio estilo visual.