Em uma viagem escolar a Taiwan, Shio Ogura, uma adolescente obcecada por história, se vê no meio de uma batalha entre a organização DOGOO e os Evolutionary Invaders, invasores alienígenas. Ao tentar tirar uma amiga do ataque, ela desperta como E-Gene Holder: portadora da alma reencarnada do senhor da guerra Oda Nobunaga e capaz de materializar a arma gigantesca que batiza de Nobunagun. Ela então se junta aos outros E-Gene Holders da DOGOO, cada um ligado a uma figura histórica, para combater os invasores.